Thông tư 05/2009/TT-BTC hướng dẫn về thủ tục hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo Nghị quyết 30/2008/NQ-CP do Bộ Tài chính ban hành

THÔNG TƯ

HƯỚNG DẪN MỘT SỐ NỘI DUNG VỀ THỦ TỤC HẢI QUAN, THUẾ XUẤT KHẨU, THUẾ NHẬP KHẨU VÀ QUẢN LÝ THUẾ ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU THEO NGHỊ QUYẾT SỐ 30/2008/NQ-CP NGÀY 11/12/2008 CỦA CHÍNH PHỦ

Căn cứ Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ về những giải pháp cấp bách nhằm ngăn chặn suy giảm kinh tế, duy trì tăng trưởng kinh tế, bảo đảm an ninh xã hội ;
Căn cứ Nghị định số 118/2008/NĐ-CP ngày 27 tháng 11 năm 2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;
Bộ Tài chính hướng dẫn một số nội dung về cải cách thủ tục hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ về những giải pháp cấp bách nhằm ngăn chặn suy giảm kinh tế, duy trì tăng trưởng kinh tế, bảo đảm an ninh xã hội như sau:

1. Phạm vi áp dụng:

Thông tư này hướng dẫn một số nội dung về cải cách thủ tục hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ về những giải pháp cấp bách nhằm ngăn chặn suy giảm kinh tế, duy trì tăng trưởng kinh tế bảo đảm an ninh xã hội.

2. Tiêu chí xác định chủ hàng chấp hành tốt pháp luật về hải quan:

Chủ hàng chấp hành tốt pháp luật về hải quan là người đáp ứng các điều kiện:

2.1. Có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu trong thời gian 365 ngày tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu được cơ quan hải quan xác định là:

a) Không bị xử lý về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới;

b) Không bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế;

c) Không bị xử lý về các hành vi vi phạm khác (bao gồm cả hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn) với mức phạt tiền thuộc thẩm quyền xử phạt của Cục trưởng Cục hải quan theo quy định của Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính; Hoặc không bị xử phạt quá 3 lần với mức phạt tiền thuộc thẩm quyền của Chi cục trưởng Chi cục hải quan.

2.2. Không còn nợ thuế quá hạn quá 90 ngày, kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan;

2.3. Thực hiện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.

3. Tiêu chí xác định người nộp thuế đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a khoản 4 điều 42 Luật quản lý thuế:

Người nộp thuế đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a khoản 4 điều 42 Luật quản lý thuế là người:

a) Chấp hành tốt pháp luật hải quan nêu tại điểm 2;

b) Không còn nợ tiền thuế quá hạn, không còn nợ tiền phạt chậm nộp thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan. 

4. Tiêu chí xác định chủ hàng nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan:

Chủ hàng nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan là người xuất khẩu, nhập khẩu trong thời gian 365 ngày tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu, đã 2 lần bị xử lý về hành vi gian lận, trốn thuế hoặc về các hành vi vi phạm khác (bao gồm cả hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc số thuế được miễn, giảm, hoàn) với mức phạt tiền thuộc thẩm quyền xử phạt của Cục trưởng Cục hải quan theo quy định của Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính.

Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của chủ hàng đã nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan bị áp dụng mức độ kiểm tra quy định tại điểm b khoản 2 Điều 11 Nghị định 154/2005/NĐ-CP.

5. Thời hạn nộp thuế đối với vật tư, nguyên liệu nhập khẩu để trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu:

5.1. Thời hạn nộp thuế đối với vật tư, nguyên liệu nhập khẩu để trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu (bao gồm cả hàng hoá thuộc danh mục hàng tiêu dùng do Bộ Công thương công bố nhưng là vật tư, nguyên liệu để trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu) của người nộp thuế thuộc đối tượng chấp hành tốt pháp luật hải quan và không còn nợ tiền thuế quá hạn, không còn nợ tiền phạt chậm nộp thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan là 275 (hai trăm bảy mươi lăm) ngày, kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan.

5.2. Trường hợp đặc biệt do chu kỳ sản xuất, dự trữ vật tư, nguyên liệu phải kéo dài hơn 275 ngày như đóng tàu, sản xuất sản phẩm cơ khí, chăn nuôi, nuôi trồng thuỷ hải sản, ngọc trai; chế biến các loại nông sản thu hoạch theo mùa vụ, thì thời hạn nộp thuế được kéo dài hơn 275 ngày. Thời gian được kéo dài tối đa không quá thời hạn phải giao hàng ghi trên hợp đồng xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đề nghị kéo dài thời hạn nộp thuế hoặc không quá chu kỳ sản xuất sản phẩm.

5.3. Để được áp dụng thời hạn nộp thuế dài hơn 275 ngày, ngoài hồ sơ hải quan, người khai hải quan, người nộp thuế phải nộp cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan các giấy tờ sau đây:

a) Công văn đề nghị áp dụng thời hạn nộp thuế dài hơn 275 ngày đối với từng trường hợp cụ thể, phù hợp với thực tế của việc dự trữ nguyên liệu, vật tư; trong đó nêu rõ lý do, số tiền thuế đề nghị, thời hạn đề nghị được kéo dài, mô tả quy trình, thời gian sản xuất: 01 bản chính;

b) Giấy tờ chứng minh việc kéo dài thời hạn giao hàng trên hợp đồng xuất khẩu sản phẩm nếu hàng hóa thuộc đối tượng được kéo dài thời hạn nộp thuế dài hơn 275 ngày có nguyên nhân do thời hạn giao hàng trên hợp đồng xuất khẩu sản phẩm phải kéo dài hơn: nộp 01 bản sao có xác nhận sao y bản chính của giám đốc doanh nghiệp.

5.4. Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu tiếp nhận, kiểm tra sơ bộ hồ sơ và xử lý như sau:

a) Trường hợp hồ sơ đầy đủ, đúng đối tượng thì báo cáo Cục Hải quan có văn bản cho kéo dài thời hạn nộp thuế hơn 275 ngày. Trường hợp không đủ điều kiện để áp dụng thời hạn nộp thuế dài hơn 275 ngày thì có văn bản chính thức thông báo cho người nộp thuế biết.

THÔNG TƯ

HƯỚNG DẪN MỘT SỐ NỘI DUNG VỀ THỦ TỤC HẢI QUAN, THUẾ XUẤT KHẨU, THUẾ NHẬP KHẨU VÀ QUẢN LÝ THUẾ ĐỐI VỚI HÀNG HOÁ XUẤT KHẨU, NHẬP KHẨU THEO NGHỊ QUYẾT SỐ 30/2008/NQ-CP NGÀY 11/12/2008 CỦA CHÍNH PHỦ

Căn cứ Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ về những giải pháp cấp bách nhằm ngăn chặn suy giảm kinh tế, duy trì tăng trưởng kinh tế, bảo đảm an ninh xã hội ;
Căn cứ Nghị định số 118/2008/NĐ-CP ngày 27 tháng 11 năm 2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;
Bộ Tài chính hướng dẫn một số nội dung về cải cách thủ tục hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ về những giải pháp cấp bách nhằm ngăn chặn suy giảm kinh tế, duy trì tăng trưởng kinh tế, bảo đảm an ninh xã hội như sau:

1. Phạm vi áp dụng:

Thông tư này hướng dẫn một số nội dung về cải cách thủ tục hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu theo Nghị quyết số 30/2008/NQ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ về những giải pháp cấp bách nhằm ngăn chặn suy giảm kinh tế, duy trì tăng trưởng kinh tế bảo đảm an ninh xã hội.

2. Tiêu chí xác định chủ hàng chấp hành tốt pháp luật về hải quan:

Chủ hàng chấp hành tốt pháp luật về hải quan là người đáp ứng các điều kiện:

2.1. Có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu trong thời gian 365 ngày tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu được cơ quan hải quan xác định là:

a) Không bị xử lý về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới;

b) Không bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận thuế;

c) Không bị xử lý về các hành vi vi phạm khác (bao gồm cả hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc tăng số thuế được miễn, giảm, hoàn) với mức phạt tiền thuộc thẩm quyền xử phạt của Cục trưởng Cục hải quan theo quy định của Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính; Hoặc không bị xử phạt quá 3 lần với mức phạt tiền thuộc thẩm quyền của Chi cục trưởng Chi cục hải quan.

2.2. Không còn nợ thuế quá hạn quá 90 ngày, kể từ ngày hết thời hạn nộp thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan;

2.3. Thực hiện nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.

3. Tiêu chí xác định người nộp thuế đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a khoản 4 điều 42 Luật quản lý thuế:

Người nộp thuế đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a khoản 4 điều 42 Luật quản lý thuế là người:

a) Chấp hành tốt pháp luật hải quan nêu tại điểm 2;

b) Không còn nợ tiền thuế quá hạn, không còn nợ tiền phạt chậm nộp thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan. 

4. Tiêu chí xác định chủ hàng nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan:

Chủ hàng nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan là người xuất khẩu, nhập khẩu trong thời gian 365 ngày tính đến ngày đăng ký tờ khai hải quan cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu, đã 2 lần bị xử lý về hành vi gian lận, trốn thuế hoặc về các hành vi vi phạm khác (bao gồm cả hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp hoặc số thuế được miễn, giảm, hoàn) với mức phạt tiền thuộc thẩm quyền xử phạt của Cục trưởng Cục hải quan theo quy định của Pháp lệnh Xử lý vi phạm hành chính.

Hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu của chủ hàng đã nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan bị áp dụng mức độ kiểm tra quy định tại điểm b khoản 2 Điều 11 Nghị định 154/2005/NĐ-CP.

5. Thời hạn nộp thuế đối với vật tư, nguyên liệu nhập khẩu để trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu:

5.1. Thời hạn nộp thuế đối với vật tư, nguyên liệu nhập khẩu để trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu (bao gồm cả hàng hoá thuộc danh mục hàng tiêu dùng do Bộ Công thương công bố nhưng là vật tư, nguyên liệu để trực tiếp sản xuất hàng hóa xuất khẩu) của người nộp thuế thuộc đối tượng chấp hành tốt pháp luật hải quan và không còn nợ tiền thuế quá hạn, không còn nợ tiền phạt chậm nộp thuế tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan là 275 (hai trăm bảy mươi lăm) ngày, kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan.

5.2. Trường hợp đặc biệt do chu kỳ sản xuất, dự trữ vật tư, nguyên liệu phải kéo dài hơn 275 ngày như đóng tàu, sản xuất sản phẩm cơ khí, chăn nuôi, nuôi trồng thuỷ hải sản, ngọc trai; chế biến các loại nông sản thu hoạch theo mùa vụ, thì thời hạn nộp thuế được kéo dài hơn 275 ngày. Thời gian được kéo dài tối đa không quá thời hạn phải giao hàng ghi trên hợp đồng xuất khẩu sản phẩm sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu đề nghị kéo dài thời hạn nộp thuế hoặc không quá chu kỳ sản xuất sản phẩm.

5.3. Để được áp dụng thời hạn nộp thuế dài hơn 275 ngày, ngoài hồ sơ hải quan, người khai hải quan, người nộp thuế phải nộp cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan các giấy tờ sau đây:

a) Công văn đề nghị áp dụng thời hạn nộp thuế dài hơn 275 ngày đối với từng trường hợp cụ thể, phù hợp với thực tế của việc dự trữ nguyên liệu, vật tư; trong đó nêu rõ lý do, số tiền thuế đề nghị, thời hạn đề nghị được kéo dài, mô tả quy trình, thời gian sản xuất: 01 bản chính;

b) Giấy tờ chứng minh việc kéo dài thời hạn giao hàng trên hợp đồng xuất khẩu sản phẩm nếu hàng hóa thuộc đối tượng được kéo dài thời hạn nộp thuế dài hơn 275 ngày có nguyên nhân do thời hạn giao hàng trên hợp đồng xuất khẩu sản phẩm phải kéo dài hơn: nộp 01 bản sao có xác nhận sao y bản chính của giám đốc doanh nghiệp.

5.4. Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan hàng hóa nhập khẩu tiếp nhận, kiểm tra sơ bộ hồ sơ và xử lý như sau:

a) Trường hợp hồ sơ đầy đủ, đúng đối tượng thì báo cáo Cục Hải quan có văn bản cho kéo dài thời hạn nộp thuế hơn 275 ngày. Trường hợp không đủ điều kiện để áp dụng thời hạn nộp thuế dài hơn 275 ngày thì có văn bản chính thức thông báo cho người nộp thuế biết.

b) Trường hợp cần kiểm tra xác định thực tế chu kỳ sản xuất, dự trữ vật tư, nguyên liệu thì Cục Hải quan địa phương phối hợp với cơ quan thuế, cơ quan có liên quan kiểm tra. Việc kiểm tra phải lập thành biên bản trong đó nêu rõ chu kỳ sản xuất sản phẩm từ nguyên liệu, vật tư đề nghị kéo dài thời hạn nộp thuế.

6. Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu được áp dụng thời hạn nộp thuế hướng dẫn tại điểm 5 Thông tư này bao gồm:

6.1. Nguyên liệu, bán thành phẩm, linh kiện, cụm linh kiện trực tiếp tham gia vào quá trình sản xuất để cấu thành sản phẩm xuất khẩu;

6.2. Nguyên liệu, vật tư trực tiếp tham gia vào quá trình sản xuất sản phẩm xuất khẩu nhưng không trực tiếp chuyển hoá thành sản phẩm hoặc không cấu thành thực thể sản phẩm;

6.3. Sản phẩm hoàn chỉnh do doanh nghiệp nhập khẩu để gắn vào sản phẩm xuất khẩu, đóng chung với sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu hoặc đóng chung với sản phẩm xuất khẩu được sản xuất từ nguyên liệu, vật tư mua trong nước thành mặt hàng đồng bộ để xuất khẩu ra nước ngoài;

6.4. Vật tư làm bao bì hoặc bao bì để đóng gói sản phẩm xuất khẩu;

6.5. Nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để bảo hành, sửa chữa, tái chế sản phẩm xuất khẩu;

6.6. Hàng mẫu nhập khẩu để sản xuất hàng hóa xuất khẩu sau khi hoàn thành hợp đồng phải tái xuất trả lại khách hàng nước ngoài.

7. Về định mức; tỷ lệ phế liệu, phế phẩm:

Định mức nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để xem xét hoàn thuế, không thu thuế nhập khẩu là định mức thực tế sử dụng để sản xuất sản phẩm thực tế xuất khẩu bao gồm cả phần tỷ lệ phế liệu, phế phẩm nằm trong định mức tiêu hao thu được trong quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu.

7.1. Phần tỷ lệ phế liệu, phế phẩm nằm trong định mức tiêu hao thu được trong quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu từ nguyên liệu, vật tư nhập khẩu không phải chịu thuế nhập khẩu. Trường hợp còn giá trị thương mại, người nộp thuế bán, tiêu thụ phần phế liệu, phế phẩm này trên thị trường thì cũng không phải chịu thuế nhập khẩu nhưng phải kê khai, nộp các loại thuế khác như thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp theo đúng quy định.

7.2. Giám đốc doanh nghiệp tự khai và tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc nhập khẩu, sử dụng nguyên liệu vật tư nhập khẩu sản xuất hàng hoá xuất khẩu và định mức thực tế sử dụng sản xuất sản phẩm bao gồm cả phần tỷ lệ phế liệu, phế phẩm nằm trong định mức tiêu hao thu được trong quá trình sản xuất hàng hóa xuất khẩu khi kê khai định mức sử dụng nguyên liệu với cơ quan hải quan. Trường hợp không thực hiện kê khai hoặc kê khai không đúng thì ngoài việc phải  nộp đủ tiền thuế theo số lượng và mức thuế suất thuế nhập khẩu của nguyên liệu, vật tư khi nhập khẩu, người nộp thuế còn bị xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.

7.3. Định mức sử dụng nguyên vật liệu do doanh nghiệp xây dựng phải được thông báo bằng văn bản với cơ quan Hải quan trước khi làm thủ tục xuất khẩu lô hàng đầu tiên của mã sản phẩm.

7.4. Việc xây dựng, kê khai định mức thực hiện theo hướng dẫn hiện hành tại Thông tư số 112/2005/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, Thông tư số 59/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.

7.5. Đối với phế liệu, phế phẩm nằm trong định mức sử dụng, định mức tiêu hao và tỷ lệ hao hụt của loại hình gia công đáp ứng các qui định tại Điều 31 Nghị định số 12/2006/NĐ-CP ngày 23/1/2006 của Chính Phủ, được thoả thuận trong hợp đồng gia công và thông báo bằng văn bản với cơ quan hải quan theo hướng dẫn tại Thông tư số 116/2008/TT-BTC ngày 4/12/2008 của Bộ Tài chính cũng được xử lý tương tự về thuế nhập khẩu như phế liệu, phế phẩm của loại hình nhập nguyên liệu, vật tư để sản xuất hàng xuất khẩu hướng dẫn tại điểm 7.1 này.  

8. Về việc nộp tiền thuế theo trình tự:

8.1. Thứ tự thanh toán tiền thuế thực hiện theo quy định tại Điều 45 Luật quản lý thuế.

8.2. Trường hợp tại thời điểm đăng ký tờ khai nhập khẩu, nếu người nộp thuế có nợ tiền thuế quá hạn nhưng chưa quá hạn quá 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn phải nộp xong thuế, thì được thông quan hàng hoá với các điều kiện sau:

a) Người nộp thuế có văn bản cam kết với cơ quan hải quan sẽ nộp xong tiền thuế nợ quá hạn theo theo từng tháng với Cục hải quan nơi còn nợ thuế theo tỷ lệ mỗi lần nộp tối thiểu bằng 20% số tiền thuế nợ quá hạn đó nhưng không dưới 200 triệu đồng/một lần nộp.

b) Số tiền thuế đăng ký nộp theo kế hoạch phải được tổ chức tín dụng hoặc tổ chức khác hoạt động theo quy định của Luật các tổ chức tín dụng bảo lãnh. Việc bảo lãnh thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 59/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.

c) Người nộp thuế phải nộp thuế trước khi nhận hàng cho số tiền thuế phát sinh của tờ khai đang làm thủ tục hải quan.

8.3. Trong thời gian được chậm nộp theo kế hoạch đã đăng ký với cơ quan hải quan, số tiền thuế đăng ký nộp theo kế hoạch vẫn phải nộp phạt chậm nộp theo đúng quy định nhưng tạm thời chưa phải áp dụng các biện pháp cưỡng chế quy định tại Điều 93 Luật quản lý thuế.

8.4. Người nộp thuế có trách nhiệm nộp đủ số tiền thuế, tiền phạt chậm nộp theo đúng kế hoạch đã cam kết. Trường hợp vi phạm cam kết, cơ quan hải quan sẽ yêu cầu phải nộp thuế theo đúng trình tự quy định tại Luật quản lý thuế.

9. Hồ sơ, thủ tục hoàn thuế :

Hồ sơ, thủ tục hoàn thuế đối với các trường hợp thuộc đối tượng hoàn thuế thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 59/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. Riêng tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và chứng từ thanh toán qua ngân hàng trong bộ hồ sơ đề nghị hoàn thuế được thực hiện như sau:

9.1. Về tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu: người nộp thuế nộp 01 bản chính. Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục kiểm tra thanh khoản số tiền thuế được hoàn thuế, không thu thuế và đóng dấu hàng hóa được xét hoàn thuế, không thu thuế lên bản gốc tờ khai hải quan do người người nộp thuế nộp, sao lại tờ khai hải quan gốc đã thanh khoản, hoàn thuế để trả lại tờ khai hải quan gốc cho người nộp thuế và lưu bản sao tờ khai vào bộ hồ sơ hoàn thuế lưu tại đơn vị.

9.2. Về chứng từ thanh toán qua ngân hàng:

9.2.1. Đối với các trường hợp phải nộp chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau nhưng khi nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế doanh nghiệp chưa xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng, thì cơ quan hải quan có trách nhiệm phối hợp với cơ quan thuế nơi quản lý người nộp thuế thực hiện kiểm tra sổ sách, chứng từ kế toán, phiếu nhập/xuất kho, thẻ kho; trường hợp cần thiết thì thực hiện kiểm tra, xác minh, đối chiếu thêm các giao dịch kinh doanh của người nộp thuế với các tổ chức, cá nhân có liên quan.

9.2.2. Việc kiểm tra phải thực hiện xong trong thời hạn tối đa không quá 15 ngày kể từ ngày nhận hồ sơ. Kết quả kiểm tra xác định hàng hoá đã thực tái xuất khẩu, mọi chứng từ liên quan phù hợp thì xử lý thanh khoản, hoàn thuế cho doanh nghiệp. 

9.2.3. Trong thời gian chờ kiểm tra xác định, người nộp thuế được áp dụng thời hạn nộp thuế của người nộp thuế đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a khoản 4 điều 42 Luật quản lý thuế và tạm thời chưa áp dụng các biện pháp cưỡng chế quy định tại Điều 93 Luật quản lý thuế nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:

a) Người nộp thuế chỉ còn nợ tiền thuế của số nguyên liệu, vật tư nhập khẩu sản xuất hàng hoá xuất khẩu đã nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế cho cơ quan hải quan nhưng còn thiếu chứng từ thanh toán qua ngân hàng; 

b) Người nộp thuế có văn bản cam kết thực hiện quyết định cuối cùng của cơ quan hải quan.

9.2.4. Trường hợp kết quả kiểm tra, xác minh, đối chiếu các giao dịch kinh doanh có liên quan xác định hàng hoá không được thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế, người nộp thuế sẽ không được áp dụng thời hạn nộp thuế của người nộp thuế đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a khoản 4 điều 42 Luật quản lý thuế và bị áp dụng các biện pháp cưỡng chế theo đúng quy định tại Điều 93 Luật quản lý thuế

10. Khen thưởng, kỷ luật:

10.1. Cá nhân, tổ chức thực hiện tốt các quy định về quản lý hải quan được khen thưởng theo chế độ chung của Nhà nước.

10.2. Cá nhân, tổ chức có hành vi vô ý hoặc cố ý vi phạm các quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan thì tuỳ theo tính chất, mức độ, hành vi vi phạm mà bị xử lý vi phạm hành chính hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.

10.3. Công chức hải quan khi tiến hành thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan có hành vi sách nhiễu, gây phiền hà làm ảnh hưởng đến hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hàng hoá thì tuỳ theo tính, chất, mức độ vi phạm sẽ bị xử lý kỷ luật hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự; nếu gây thiệt hại thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật. 

11. Tổ chức thực hiện:

11.1. Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 (bốn lăm ) ngày kể từ ngày ký và áp dụng với các tờ khai hải quan hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu đăng ký với cơ quan hải quan từ ngày 01 tháng 01 năm 2009, thay thế các nội dung có liên quan tại Thông tư số 112/2005/TT-BTC ngày 15/12/2005, Thông tư số 59/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính và các văn bản khác của Bộ Tài chính trái với hướng dẫn tại Thông tư này.

11.2. Cơ quan hải quan nơi có thẩm quyền thực hiện thủ tục hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu nhập khẩu theo đúng quy định hiện hành và hướng dẫn tại Thông tư này. Trường hợp có vướng mắc, báo cáo cụ thể về Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) để được hướng dẫn.

11.3. Quá trình thực hiện, nếu các văn bản liên quan đề cập tại Thông tư này được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới được sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế đó./.