Nhà thầu nhận tiền bồi thường

Công ty tôi là chủ đầu tư công trình xây dựng có ký hợp đồng xây dựng với nhà thầu. Vì một số vướng mắc trong quá trình thực hiện hợp đồng nên công ty tôi phải bồi thường hợp đồng cho nhà thầu một số tiền. Xin cho hỏi, trong trường hợp này nhà thầu xuất hóa đơn như thế nào cho công ty tôi không?