Kinh doanh không đúng ngành nghề đăng ký

Em đang làm kế toán cho 1 công ty TNHH một thành viên. Công ty em thành lâp từ năm 2012 và hoạt động bình thường đến bây giờ (Công ty em chuyên về thương mại). Vừa rồi công ty có đấu thầu 1 dự án, tưởng chừng như trúng thầu 100% nhưng cuối cùng lại trượt thầu. Hỏi ra mới biết, mặt hàng công ty dự thầu không có trong ngành nghề kinh doanh đã đăng ký của công ty. Vấn đề ở đây, từ năm 2012 đến bây giờ công ty em vẫn mua và bán mặt hàng này rồi, nhưng do không hiểu biết nên khi đăng ký kinh doanh lại thiếu mất mặt hàng này (mặt hàng này không phải là mặt hàng cấm của nhà nước). Tính đến thời điểm hiện tại doanh thu của mặt hàng này khoảng 5 tỷ đồng. Dù công ty có thực tế kinh doanh, có hệ thống kế toán và sổ sách đầy đủ, tính đến thời điểm hiện tại thì công ty em chưa hề vi phạm gì trong lĩnh vực thuế, nhưng căn cứ theo luật thì vẫn bị coi là kinh doanh trái phép phải không ạ? Hiện tại sếp em đang rất lo lắng về vấn đề này, vì thực tế công ty em làm ăn đàng hoàng chứ không phải công ty ma... Kính mong tư vấn cho em biết cụ thể hình thức xử phạt trong trường hợp này và cách thức xử lý hợp lý ạ.