Công văn 3003/TCT-KK về hạch toán nghĩa vụ thuế theo Biên bản, Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan thuế, Quyết định xử lý của cơ quan thanh tra nhà nước và bù trừ giữa số nộp thừa với số nộp thiếu trên Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế do Tổng cục Thuế ban hành

Kính gửi: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Vừa qua, Tổng cục Thuế nhận được phản ánh về việc một số địa phương không nhập và không hạch toán đầy đủ số thuế truy thu theo Quyết định của cơ quan thanh tra nhà nước (trừ thanh tra thuế, thanh tra hải quan) như Thanh tra Bộ Tài chính, Thanh tra Chính phủ,... vào ứng dụng quản lý thuế của ngành, dẫn đến theo dõi không chính xác về nghĩa vụ thuế (còn nợ, nộp thừa,...) của người nộp thuế; việc xử lý cho bù trừ các Khoản tiền thuế, tiền phạt phát hiện qua thanh tra, kiểm tra với các Khoản tiền thuế, tiền phạt nộp thừa hoặc số tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) còn được khấu trừ trên Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế chưa được thống nhất. Về việc này, Tổng cục Thuế hướng dẫn như sau:

1. Về theo dõi, hạch toán nghĩa vụ thuế của người nộp thuế theo các quyết định xử lý của cơ quan thanh tra nhà nước (trừ thanh tra thuế, thanh tra hải quan):

- Tại Điểm 3b phần II Thông tư liên tịch số 04/2008/TTLT-BTC-TTCP ngày 04/1/2008 của Thanh tra Chính phủ và Bộ Tài chính quy định: "nguồn trích bổ sung từ các Khoản thu hồi phát hiện qua thanh tra đã thực thu hồi nộp ngân sách nhà nước ".

- Tại Điểm 4b phần II Thông tư liên tịch số 04/2008/TTLT-BTC-TTCP ngày 04/1/2008 của Thanh tra Chính phủ và Bộ Tài chính quy định: "Cơ quan thanh tra nhà nước được trích 30% từ các Khoản tiền do các đoàn thanh tra phát hiện thu hồi đã thực nộp vào ngân sách nhà nước theo quyết định xử lý của cấp có thẩm quyền và đã hết thời gian khiếu nại được quy định tại Điểm a Khoản 4 Mục II Thông tư này để hỗ trợ nâng cao năng lực hoạt động thanh tra, tăng cường cơ sở vật chất và khen thưởng, động viên tổ chức, cá nhân có thành tích trong công tác thanh tra, bổ sung kinh phí hoạt động nhưng tối đa không quá 10.000 triệu đồng/năm đối với Thanh tra Chính phủ; không quá 2.000 triệu đồng/năm đối với thanh tra của các Bộ, ngành trung ương, không quá 1.000 triệu đồng/năm đối với thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (riêng đối với Thanh tra thành phố Hà Nội và Thanh tra thành phố Hồ Chí Minh, không quá 2.000 triệu đồng/năm); không quá 200 triệu đồng/năm đối với thanh tra các sở, thanh tra các quận, huyện, thành phố, thị xã trực thuộc tỉnh (riêng đối với thanh tra các sở, quận, huyện thuộc thành phố Hà Nội và thành phó Hồ Chí Minh không quá 400 triệu đồng/năm)"

- Tại Điểm 2, Mục II, phần B Quyết định số 33/2007/QĐ-BTC ngày 15/5/2007 của Bộ Tài chính quy định về ban hành Quyết định xử lý thục hiện kiến nghị thanh, kiểm tra theo Mẫu số 5/TTr-XLSTTr, trong đó có quy định tại Điều 1 "Nộp vào tài khỏan............của Sở Tài chính ....( hoặc Cục Thuế................. mở tại Kho bạc Nhà nước.

Căn cứ các quy định nêu trên, các cơ quan thanh tra nhà nước qua thanh tra kiểm tra theo chức năng đều có quyền kiến nghị nộp số thuế truy thu vào tài Khoản của Sở Tài chính hoặc của Cục Thuế nơi quản lý người nộp thuế. Để thực hiện theo dõi được đầy đủ, chính xác nghĩa vụ thuế của người nộp thuế, Tổng cục Thuế hướng dẫn Cục Thuế thực hiện như sau;

1.1. Trường hợp trên Quyết định xử lý của cơ quan thanh tra nhà nước (không bao gồm Quyết định xử lý của cơ quan thuế) ghi nộp vào tài Khoản tạm giữ của Cục Thuế mở tại Kho bạc Nhà nước, thực hiện nhập đầy đủ vào ứng dụng quản lý thuế bằng các chức năng sau:

- Hạch toán số thuế phải nộp theo Quyết định: sử dụng chức năng Xử lý tạm giữ/Nhập quyết định truy thu. Lưu ý nhập thông tin về tên cơ quan ban hành quyết định vào ô "Cơ quan ban hành" để thuận tiện trong việc theo dõi, đối chiếu.

- Hạch toán số thuế đã nộp vào tài Khoản tạm giữ: sử dụng chức năng Xử lý tạm giữ/Nhập giấy nộp tiền vào tài Khoản tạm giữ. Lưu ý nhập đúng theo số, ngày của Quyết định ghi trên chứng từ để bù trừ với số phải nộp trên Quyết định.

- Hết thời hạn giải quyết khiếu nại tố cáo theo quy định của Luật Khiếu nại tố cáo, Cục Thuế lập giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước để chuyển nộp ngân sách theo đúng Mục lục ngân sách nhà nước: sử dụng chức năng Xử lý chứng từ/Cập nhật chứng từ/giấy nộp tiền/chọn 08 "Giấy nộp tiền từ tạm giữ của cơ quan thuế". Trường hợp người nộp thuế chưa nộp hoặc mới nộp một phần số tiền thuế, tiền phạt trên Quyết định, thì phải chuyển toàn bộ số tiền thuế, tiền phạt còn nợ trên tài Khoản tạm giữ (921) vào tài Khoản thu ngân sách nhà nước (741) bằng chức năng Xử lý quyết định/Cập nhật các quyết định/Nhập phiếu Điều chỉnh nội bộ (hạch toán âm toàn bộ số còn nợ trên TK 921 , hạch toán dương số nợ thuế ở TK 741). Cục Thuế phải thông báo cho người nộp thuế biết để nộp số tiền thuế còn nợ theo Quyết định vào tài Khoản

1.2. Trường hợp trên Quyết định xử lý của cơ quan thanh tra nhà nước ghi nộp vào tài Khoản tạm giữ của Sở Tài chính hoặc tài Khoản của cơ quan thanh tra nhà nước (nếu có) mở tại Kho bạc Nhà nước, Cục Thuế phối hợp với cơ quan thanh tra nhà nước, Kho bạc Nhà nước để luân chuyển chứng từ liên quan đến các Khoản thu do cơ quan thuê quản lý (Quyết định, Giấy nộp tiền), thông tin chi tiết các Khoản nộp như Mục lục ngân sách, kỳ thuế, mã số thuế, . . . để theo dõi, hạch toán đầy đủ, kịp thời khi cơ quan thanh tra nhà nước chuyển nộp các Khoản tiền thuế đã truy thu vào ngân sách nhà nước (cơ quan thuế chỉ theo dõi khi số tiền thuế đã thực nộp vào ngân sách nhà nước). Trường hợp này Cục Thuế không hạch toán vào tài Khoản tạm giữ của cơ quan thuế. Số tiền cơ quan thanh tra nhà nước chuyển nộp ngân sách được hạch toán vào tài Khoản thu ngân sách nhà nước trên ứng dụng quản lý thuế như sau:

- Hạch toán số thuế phải nộp theo Quyết định ghi trên Giấy nộp tiền: sử dụng chức năng Xử lý quyết định/Cập nhật các quyết định/Nhập phiếu Điều chỉnh nội bộ. Lưu ý nhập thông tin về số, ngày và tên cơ quan ban hành quyết định vào ô "ghi chú", đồng thời nhập vào cột "Số tiền" đúng bằng số tiền ghi trên Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước, cột "Mục, Tiểu Mục" giống với Mục, Tiểu Mục ghi trên Giấy nộp tiền để đảm bảo không còn số nợ thuế.

- Hạch toán số thuế đã nộp theo Giấy nộp tiền: sử dụng chức năng Xử lý chứng từ/cập nhật chứng từ/giấy nộp tiền/chọn 01 Giấy nộp tiền bằng tiền mặt hoặc 02 Giấy nộp tiền bằng chuyển Khoản.

2. Về theo dõi, hạch toán nghĩa vụ thuế của người nộp thuế theo Biên bản, Kết luận thanh kiểm tra về thuế, Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan thuế:

- Tại Điều 13 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP ngày 07/6/2007 của Chính phủ quy định về xử lý vi phạm pháp luật về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế quy định:

"1. Các trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, bao gồm:

a) ...........

b) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều này nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời Điểm cơ quan thuế lập biên bản kiểm tra thuế kết luận thanh tra thuế,

c) Hành vi khai sai cảa người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, số thuế được giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế xác định là có hành vi khai man trốn thuế, nhưng nếu người nộp thuế vi phạm lần đầu có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời Điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử lý thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xác định tại hành vi khai thiếu thuế;

………………

2. Mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định tại Khoản 1 Điều này là 10% tính trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với mức quy đinh của pháp luật về thuế.

3. Cơ quan thuế xác định số tiền thuế thiếu, số tiền phạt; số ngày chậm nộp tiền thuế, tiền phạt chậm nộp tiền thuế và ra quyết định xử phạt đối với người nộp thuế".

Tại Công văn số 5012/TCT-PC ngày 3/12/2009 của Tổng cục Thuế hướng dẫn: "...trường hợp khi ra Quyết đinh xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với người nộp thuế có hành vi khai sai làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn theo quy định tại Điểm b, Điểm c Khoản 1 Điều 13 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP nêu trên thì không yêu cầu người nộp thuế nộp số tiền thuế thiếu vào tài Khoản tạm giữ của cơ quan Thuế. Do các trường hợp này, người nộp thuế đã tự giác nộp đủ số tiền thuế thiếu, số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước trước thời Điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử lý

Bộ phận Thanh tra, kiểm tra thực hiện phối hợp với bộ phận Kê khai để Điều chỉnh kê khai thuế liên quan đến số thuế và tiền phạt phải nộp theo Quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế: xác định số thuế truy thu phải nộp bổ sung, số tiền phạt chậm nộp, số thuế và tiền phạt chậm nộp doanh nghiệp đã thực hiện nộp vào tài Khoản Ngân sách nhà nước (Tài Khoản 741); thực hiện theo dõi trên sổ theo dõi số thu nộp của doanh nghiệp và kế toán thuế cho phù hợp".

Căn cứ quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm nhưng người nộp thuế đã tự giác nộp đủ vào ngân sách nhà nước trước khi cơ quan thuế ra quyết định xử lý thì cơ quan thuế không phản ánh số tiền thuế thiếu này vào Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế, chỉ phản ánh vào Quyết định xử phạt đối với số tiên phạt thiếu thuế (10% tính trên số thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với mức quy định của pháp luật về thuế) và tiền phạt chậm nộp tiền thuế để yêu cầu người nộp thuế nộp vào tài Khoản tạm giữ của cơ quan thuế.

Căn cứ vào biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế và chứng từ nộp ngân sách, cơ quan thuế hạch toán số tiền thuế phải nộp, đã nộp do khai thiếu thuế vào ứng dụng quản lý thuế của ngành. Lưu ý số tiền thuế truy thu đã nộp trên Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước phải đúng bằng số tiền thuế ghi trên biên bản, đảm bảo không phát sinh nợ thuế. Tổng cục sẽ nâng cấp ứng dụng để đáp ứng việc hạch toán theo biên bản, kết luận thanh tra thuế trong thời gian tới.

3. Về xử lý bù trừ giữa số tiền thuế, tiền phạt phát hiện qua thanh tra, kiểm tra với số tiền thuế, tiền phạt còn thừa hoặc số thuế GTGT còn được khấu trừ trên Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế:

Kính gửi: Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Vừa qua, Tổng cục Thuế nhận được phản ánh về việc một số địa phương không nhập và không hạch toán đầy đủ số thuế truy thu theo Quyết định của cơ quan thanh tra nhà nước (trừ thanh tra thuế, thanh tra hải quan) như Thanh tra Bộ Tài chính, Thanh tra Chính phủ,... vào ứng dụng quản lý thuế của ngành, dẫn đến theo dõi không chính xác về nghĩa vụ thuế (còn nợ, nộp thừa,...) của người nộp thuế; việc xử lý cho bù trừ các Khoản tiền thuế, tiền phạt phát hiện qua thanh tra, kiểm tra với các Khoản tiền thuế, tiền phạt nộp thừa hoặc số tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) còn được khấu trừ trên Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế chưa được thống nhất. Về việc này, Tổng cục Thuế hướng dẫn như sau:

1. Về theo dõi, hạch toán nghĩa vụ thuế của người nộp thuế theo các quyết định xử lý của cơ quan thanh tra nhà nước (trừ thanh tra thuế, thanh tra hải quan):

- Tại Điểm 3b phần II Thông tư liên tịch số 04/2008/TTLT-BTC-TTCP ngày 04/1/2008 của Thanh tra Chính phủ và Bộ Tài chính quy định: "nguồn trích bổ sung từ các Khoản thu hồi phát hiện qua thanh tra đã thực thu hồi nộp ngân sách nhà nước ".

- Tại Điểm 4b phần II Thông tư liên tịch số 04/2008/TTLT-BTC-TTCP ngày 04/1/2008 của Thanh tra Chính phủ và Bộ Tài chính quy định: "Cơ quan thanh tra nhà nước được trích 30% từ các Khoản tiền do các đoàn thanh tra phát hiện thu hồi đã thực nộp vào ngân sách nhà nước theo quyết định xử lý của cấp có thẩm quyền và đã hết thời gian khiếu nại được quy định tại Điểm a Khoản 4 Mục II Thông tư này để hỗ trợ nâng cao năng lực hoạt động thanh tra, tăng cường cơ sở vật chất và khen thưởng, động viên tổ chức, cá nhân có thành tích trong công tác thanh tra, bổ sung kinh phí hoạt động nhưng tối đa không quá 10.000 triệu đồng/năm đối với Thanh tra Chính phủ; không quá 2.000 triệu đồng/năm đối với thanh tra của các Bộ, ngành trung ương, không quá 1.000 triệu đồng/năm đối với thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương (riêng đối với Thanh tra thành phố Hà Nội và Thanh tra thành phố Hồ Chí Minh, không quá 2.000 triệu đồng/năm); không quá 200 triệu đồng/năm đối với thanh tra các sở, thanh tra các quận, huyện, thành phố, thị xã trực thuộc tỉnh (riêng đối với thanh tra các sở, quận, huyện thuộc thành phố Hà Nội và thành phó Hồ Chí Minh không quá 400 triệu đồng/năm)"

- Tại Điểm 2, Mục II, phần B Quyết định số 33/2007/QĐ-BTC ngày 15/5/2007 của Bộ Tài chính quy định về ban hành Quyết định xử lý thục hiện kiến nghị thanh, kiểm tra theo Mẫu số 5/TTr-XLSTTr, trong đó có quy định tại Điều 1 "Nộp vào tài khỏan............của Sở Tài chính ....( hoặc Cục Thuế................. mở tại Kho bạc Nhà nước.

Căn cứ các quy định nêu trên, các cơ quan thanh tra nhà nước qua thanh tra kiểm tra theo chức năng đều có quyền kiến nghị nộp số thuế truy thu vào tài Khoản của Sở Tài chính hoặc của Cục Thuế nơi quản lý người nộp thuế. Để thực hiện theo dõi được đầy đủ, chính xác nghĩa vụ thuế của người nộp thuế, Tổng cục Thuế hướng dẫn Cục Thuế thực hiện như sau;

1.1. Trường hợp trên Quyết định xử lý của cơ quan thanh tra nhà nước (không bao gồm Quyết định xử lý của cơ quan thuế) ghi nộp vào tài Khoản tạm giữ của Cục Thuế mở tại Kho bạc Nhà nước, thực hiện nhập đầy đủ vào ứng dụng quản lý thuế bằng các chức năng sau:

- Hạch toán số thuế phải nộp theo Quyết định: sử dụng chức năng Xử lý tạm giữ/Nhập quyết định truy thu. Lưu ý nhập thông tin về tên cơ quan ban hành quyết định vào ô "Cơ quan ban hành" để thuận tiện trong việc theo dõi, đối chiếu.

- Hạch toán số thuế đã nộp vào tài Khoản tạm giữ: sử dụng chức năng Xử lý tạm giữ/Nhập giấy nộp tiền vào tài Khoản tạm giữ. Lưu ý nhập đúng theo số, ngày của Quyết định ghi trên chứng từ để bù trừ với số phải nộp trên Quyết định.

- Hết thời hạn giải quyết khiếu nại tố cáo theo quy định của Luật Khiếu nại tố cáo, Cục Thuế lập giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước để chuyển nộp ngân sách theo đúng Mục lục ngân sách nhà nước: sử dụng chức năng Xử lý chứng từ/Cập nhật chứng từ/giấy nộp tiền/chọn 08 "Giấy nộp tiền từ tạm giữ của cơ quan thuế". Trường hợp người nộp thuế chưa nộp hoặc mới nộp một phần số tiền thuế, tiền phạt trên Quyết định, thì phải chuyển toàn bộ số tiền thuế, tiền phạt còn nợ trên tài Khoản tạm giữ (921) vào tài Khoản thu ngân sách nhà nước (741) bằng chức năng Xử lý quyết định/Cập nhật các quyết định/Nhập phiếu Điều chỉnh nội bộ (hạch toán âm toàn bộ số còn nợ trên TK 921 , hạch toán dương số nợ thuế ở TK 741). Cục Thuế phải thông báo cho người nộp thuế biết để nộp số tiền thuế còn nợ theo Quyết định vào tài Khoản

1.2. Trường hợp trên Quyết định xử lý của cơ quan thanh tra nhà nước ghi nộp vào tài Khoản tạm giữ của Sở Tài chính hoặc tài Khoản của cơ quan thanh tra nhà nước (nếu có) mở tại Kho bạc Nhà nước, Cục Thuế phối hợp với cơ quan thanh tra nhà nước, Kho bạc Nhà nước để luân chuyển chứng từ liên quan đến các Khoản thu do cơ quan thuê quản lý (Quyết định, Giấy nộp tiền), thông tin chi tiết các Khoản nộp như Mục lục ngân sách, kỳ thuế, mã số thuế, . . . để theo dõi, hạch toán đầy đủ, kịp thời khi cơ quan thanh tra nhà nước chuyển nộp các Khoản tiền thuế đã truy thu vào ngân sách nhà nước (cơ quan thuế chỉ theo dõi khi số tiền thuế đã thực nộp vào ngân sách nhà nước). Trường hợp này Cục Thuế không hạch toán vào tài Khoản tạm giữ của cơ quan thuế. Số tiền cơ quan thanh tra nhà nước chuyển nộp ngân sách được hạch toán vào tài Khoản thu ngân sách nhà nước trên ứng dụng quản lý thuế như sau:

- Hạch toán số thuế phải nộp theo Quyết định ghi trên Giấy nộp tiền: sử dụng chức năng Xử lý quyết định/Cập nhật các quyết định/Nhập phiếu Điều chỉnh nội bộ. Lưu ý nhập thông tin về số, ngày và tên cơ quan ban hành quyết định vào ô "ghi chú", đồng thời nhập vào cột "Số tiền" đúng bằng số tiền ghi trên Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước, cột "Mục, Tiểu Mục" giống với Mục, Tiểu Mục ghi trên Giấy nộp tiền để đảm bảo không còn số nợ thuế.

- Hạch toán số thuế đã nộp theo Giấy nộp tiền: sử dụng chức năng Xử lý chứng từ/cập nhật chứng từ/giấy nộp tiền/chọn 01 Giấy nộp tiền bằng tiền mặt hoặc 02 Giấy nộp tiền bằng chuyển Khoản.

2. Về theo dõi, hạch toán nghĩa vụ thuế của người nộp thuế theo Biên bản, Kết luận thanh kiểm tra về thuế, Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế của cơ quan thuế:

- Tại Điều 13 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP ngày 07/6/2007 của Chính phủ quy định về xử lý vi phạm pháp luật về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế quy định:

"1. Các trường hợp khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, bao gồm:

a) ...........

b) Hành vi khai sai của người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm không thuộc trường hợp quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều này nhưng khi bị cơ quan có thẩm quyền phát hiện, người vi phạm đã tự giác nộp đủ số tiền thuế khai thiếu vào ngân sách nhà nước trước thời Điểm cơ quan thuế lập biên bản kiểm tra thuế kết luận thanh tra thuế,

c) Hành vi khai sai cảa người nộp thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, số thuế được giảm đã bị cơ quan có thẩm quyền lập biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế xác định là có hành vi khai man trốn thuế, nhưng nếu người nộp thuế vi phạm lần đầu có tình tiết giảm nhẹ và đã tự giác nộp đủ số tiền thuế vào ngân sách nhà nước trước thời Điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử lý thì cơ quan thuế lập biên bản ghi nhận để xác định tại hành vi khai thiếu thuế;

………………

2. Mức xử phạt đối với các hành vi vi phạm quy định tại Khoản 1 Điều này là 10% tính trên số tiền thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với mức quy đinh của pháp luật về thuế.

3. Cơ quan thuế xác định số tiền thuế thiếu, số tiền phạt; số ngày chậm nộp tiền thuế, tiền phạt chậm nộp tiền thuế và ra quyết định xử phạt đối với người nộp thuế".

Tại Công văn số 5012/TCT-PC ngày 3/12/2009 của Tổng cục Thuế hướng dẫn: "...trường hợp khi ra Quyết đinh xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với người nộp thuế có hành vi khai sai làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn theo quy định tại Điểm b, Điểm c Khoản 1 Điều 13 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP nêu trên thì không yêu cầu người nộp thuế nộp số tiền thuế thiếu vào tài Khoản tạm giữ của cơ quan Thuế. Do các trường hợp này, người nộp thuế đã tự giác nộp đủ số tiền thuế thiếu, số thuế đã được hoàn vào ngân sách nhà nước trước thời Điểm cơ quan có thẩm quyền ra quyết định xử lý

Bộ phận Thanh tra, kiểm tra thực hiện phối hợp với bộ phận Kê khai để Điều chỉnh kê khai thuế liên quan đến số thuế và tiền phạt phải nộp theo Quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế: xác định số thuế truy thu phải nộp bổ sung, số tiền phạt chậm nộp, số thuế và tiền phạt chậm nộp doanh nghiệp đã thực hiện nộp vào tài Khoản Ngân sách nhà nước (Tài Khoản 741); thực hiện theo dõi trên sổ theo dõi số thu nộp của doanh nghiệp và kế toán thuế cho phù hợp".

Căn cứ quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn, tăng số thuế được miễn, giảm nhưng người nộp thuế đã tự giác nộp đủ vào ngân sách nhà nước trước khi cơ quan thuế ra quyết định xử lý thì cơ quan thuế không phản ánh số tiền thuế thiếu này vào Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế, chỉ phản ánh vào Quyết định xử phạt đối với số tiên phạt thiếu thuế (10% tính trên số thuế khai thiếu hoặc số tiền thuế được hoàn, số thuế được miễn, giảm cao hơn so với mức quy định của pháp luật về thuế) và tiền phạt chậm nộp tiền thuế để yêu cầu người nộp thuế nộp vào tài Khoản tạm giữ của cơ quan thuế.

Căn cứ vào biên bản kiểm tra thuế, kết luận thanh tra thuế và chứng từ nộp ngân sách, cơ quan thuế hạch toán số tiền thuế phải nộp, đã nộp do khai thiếu thuế vào ứng dụng quản lý thuế của ngành. Lưu ý số tiền thuế truy thu đã nộp trên Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước phải đúng bằng số tiền thuế ghi trên biên bản, đảm bảo không phát sinh nợ thuế. Tổng cục sẽ nâng cấp ứng dụng để đáp ứng việc hạch toán theo biên bản, kết luận thanh tra thuế trong thời gian tới.

3. Về xử lý bù trừ giữa số tiền thuế, tiền phạt phát hiện qua thanh tra, kiểm tra với số tiền thuế, tiền phạt còn thừa hoặc số thuế GTGT còn được khấu trừ trên Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế:

- Tại Điểm 5.1, Mục I, phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế quy định: "Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế".

- Tại Điểm 1 và Điểm 2 Mục VII, phần C Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế quy định:

"1. Tiền thuế được coi là nộp thừa khi:

1.1. Người nộp thuế có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế phải nộp.

1.2. Người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao, phí xăng dầu.

2. Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế nộp thừa theo các cách sau:

2.1. Bù trừ số tiền thuế nộp thừa với số tiền thuế, tiền phạt còn nợ, kể cả bù trừ giữa các loại thuế với nhau.

2. 2. Trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần nộp tiếp theo.

2. 3. Hoàn trả khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền phạt.

Trường hợp tiền thuế nộp thừa được để lại trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần tiếp theo trong cùng một loại thuế thì được thực hiện tự động trong hệ thống quản lý của cơ quan thuế, người nộp thuế không phải làm thủ tục bù trừ.

Trường hợp bù trừ giữa các loại tiền thuế, tiền phạt khác nhau hoặc hoàn thuế thì người nộp thuế phải thực hiện theo thủ tục hoàn thuế, bù trừ thuế theo quy định ".

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp qua thanh tra, kiểm tra phát hiện người nộp thuế có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, nhưng người nộp thuế không tự giác nộp đủ số tiền thuế trốn, gian lận vào ngân sách nhà nước trước khi cơ quan thuế ra quyết định xử lý thì cơ quan thuế ban hành Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế. Trên Quyết định phải phản ánh toàn bộ số tiền thuế, tiền phạt qua thanh tra, kiểm tra cơ quan thuế phát hiện và yêu cầu người nộp thuế nộp đầy đủ vào tài Khoản tạm giữ của cơ quan thuế mở tại Kho bạc Nhà nước. Nếu người nộp thuế đang có số thuế nộp thừa, số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ, thì không được bù trừ với số tiền thuế, tiền phạt phát hiện qua thanh tra, kiểm tra trên cùng Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế.

Hết thời hạn giải quyết khiếu nại theo quy định của Luật khiếu nại tố cáo, thực hiện bù trừ tự động trên ứng dụng quản lý thuế của ngành đối với các Khoản còn phải nộp và các Khoản nộp thừa của cùng sắc thuế, cùng tài Khoản hạch toán của cơ quan thuế. Tuyệt đối không được bù trừ giữa số thuế phải nộp với số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ, kể cả trường hợp cùng sắc thuế vì số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chưa phải là số thuế giá trị gia tăng được hoàn.

Trường hợp không cùng loại thuế, hoặc cùng loại thuế nhưng khác tài Khoản, Cục Thuế phải lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số C1-05/NS ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24/12/2008 của Bộ Tài chính, gửi Kho bạc Nhà nước để thực hiện vừa hoàn thuế, vừa thu nợ thuế.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế các tỉnh, thành phố được biết và thực hiện./.