Thủ tục khởi kiện tranh chấp hợp đồng

1. Năm 2005 cơ quan em có ký hợp đồng thi công công trình với một nhà thầu (Công ty A) để thi công xây dựng công trình X (sử dụng vốn nhà nước), công trình nằm ở huyện T. Trong hợp đồng có thỏa thuận điều khoản tranh chấp và giải quyết tranh chấp: "trường hợp không đạt được thỏa thuận giữa các bên, việc tranh chấp thông qua hòa giải, trọng tài hoặc tòa án giải quyết theo quy định của pháp luật". Trong quá trình thực hiện hợp đồng, Công ty A vi phạm tiến độ và cơ quan em cắt hợp đồng năm 2008. Sau khi cắt hợp đồng thì Công ty A còn nợ một số tiền tạm ứng nhưng không hoàn trả lại cho cơ quan em. Cơ quan em làm thủ tục khởi kiện ra tòa án nhân dân huyện nơi cơ quan em đóng trụ sở nhưng tòa án không thụ lý mà yêu cầu cơ quan em phải nộp đơn khởi kiện ra tòa án nhân dân huyện T (địa điểm thi công công trình). Xin hỏi: Tòa án nơi cơ quan em đóng trụ sở không thụ lý vụ án có đúng quy định của pháp luật hay không? 2. Năm 2006 cơ quan em có ký hợp đồng thi công công trình với một nhà thầu (Công ty B) để thi công xây dựng công trình Y (sử dụng vốn nhà nước), công trình nằm ở huyện V. Trong hợp đồng có thỏa thuận điều khoản tranh chấp và giải quyết tranh chấp: "Khi có tranh chấp hai bên tự giải quyết thông qua thương lượng. Trường hợp không tự giải quyết được cùng thông qua Tòa án kinh tế giải quyết". Trong quá trình thực hiện hợp đồng, Công ty B vi phạm tiến độ và cơ quan em cắt hợp đồng năm 2009. Sau khi cắt hợp đồng thì Công ty B còn nợ một số tiền tạm ứng nhưng không hoàn trả lại cho cơ quan em. Xin hỏi: trong hợp đồng thỏa thuận như vậy thì cơ quan em gửi đơn khởi kiện ra tòa án nào (tòa án nhân dân huyện hay tòa án nhân dân tỉnh? Nhờ Luật sư hướng dẫn giúp thủ tục khởi kiện