Công văn 4349/TCT-KK năm 2019 về kê khai thuế giá trị gia tăng do Tổng cục Thuế ban hành

Kính gửi: Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam

Tổng cục Thuế nhận được Công văn số 7390/VPCP-ĐMDN ngày 19/8/2019 của Văn phòng Chính phủ đề nghị Bộ Tài chính trả lời kiến nghị của Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam (địa chỉ: số 05, đường số 2, KCN VSIP Nghệ An, xã Hưng Tây, huyện Hưng Nguyên, tỉnh Nghệ An) về việc giải đáp hồ sơ kê khai thuế GTGT. Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Nội dung kiến nghị của Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam gửi kèm theo Công văn số 7390/VPCP-ĐMDN nêu trên:

Công ty đang tồn tại song song 2 giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC) như sau:

(1) Mã số dự án 5411634387 điều chỉnh lần 1 ngày 11/12/2017: Dự án Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam, nhà đầu tư là Công ty cổ phần Biomass Fuel (công ty mẹ), thực hiện quyền xuất nhập khẩu tại Tây Hồ, Hà Nội.

(2) Mã số dự án 4360474694 điều chỉnh lần 3 ngày 27/3/2019: Dự án đầu tư Nhà máy sản xuất viên nén sinh khối tại Nghệ An, nhà đầu tư là Công ty TNHH Biomass Việt Nam. Đây là dự án doanh nghiệp chế xuất, thực hiện tại trụ sở chính của Công ty.

Như vậy, hiện tại Công ty có trụ sở chính và một dự án doanh nghiệp chế xuất tại Nghệ An. Ngoài ra, Công ty có thêm dự án khác tỉnh tại Hà Nội (dự án tại Hà Nội không thành lập chi nhánh). Hiện tại Công ty đang kê khai thuế GTGT như sau:

- Chi phí liên quan đến hoạt động tại Hà Nội, Công ty kê khai trên mẫu 01/GTGT;

- Những chi phí liên quan đến dự án tại Nghệ An, Công ty kê khai trên mẫu 02/GTGT dành cho dự án đầu tư.

Tuy nhiên, dự án tại Nghệ An là doanh nghiệp chế xuất nên không phát sinh thuế GTGT, nên tờ khai mẫu 02/GTGT vẫn đang để số thuế trống.

Ngày 16/5/2019 Công ty có làm công văn gửi Cục Thuế tỉnh Nghệ An và nhận được câu trả lời như sau: “Căn cứ các quy định trên, trường hợp Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam là doanh nghiệp kê khai theo phương pháp khấu trừ, thực hiện dự án đầu tư “Nhà máy sản xuất viên nén sinh khối Biomass Fuel Việt Nam” theo Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư do Ban quản lý Khu kinh tế Đông Nam Nghệ An cấp thay đổi lần thứ 3, ngày 27/3/2019, tại trụ sở chính là Khu công nghiệp VSIP Nghệ An thì Công ty thực hiện kê khai các chi phí liên quan đến dự án vào tờ khai mẫu 02/GTGT, kê khai các chi phí của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, không liên quan đến dự án đầu tư vào tờ khai mẫu 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC nêu trên.”

Tuy nhiên, Công ty thấy câu trả lời trên chưa được thỏa đáng nên rất mong được Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể hơn:

(1) Cục Thuế tỉnh Nghệ An đang hướng doanh nghiệp kê khai theo mẫu 02/GTGT cho dự án chế xuất tại Nghệ An → Công ty không hoàn thuế và cũng không phát sinh thuế GTGT đầu vào tại sao phải khai theo mẫu 02/GTGT? Việc Cục Thuế tỉnh Nghệ An hướng dẫn phải nộp mẫu 02/GTGT cho dự án đầu tư chế xuất có đúng không?

(2) Đối với chi phí phát sinh cho dự án ngoài Hà Nội, ví dụ khi mua hàng hóa về để bán, chi phí thuê văn phòng thì thuế GTGT liên quan Công ty sẽ nộp tờ khai 01/GTGT cho Cục Thuế TP Hà Nội hay Cục Thuế tỉnh Nghệ An? Thực tế tại Hà Nội chỉ tồn tại dự án đầu tư chứ không thành lập chi nhánh.

2. Nội dung trả lời:

Quy định đối với doanh nghiệp chế xuất:

Căn cứ quy định tại Khoản 1 Điều 30 Nghị định số 82/2018/NĐ-CP ngày 22/5/2018 của Chính phủ quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất:

"Điều 30. Quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất

1. Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất được áp dụng quy định đối với khu vực hải quan riêng, khu phi thuế quan trừ các quy định riêng áp dụng đối với khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu. Doanh nghiệp chế xuất được quy định trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc trong văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền trong trường hợp không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Cơ quan đăng ký đầu tư có trách nhiệm lấy ý kiến cơ quan hải quan có thẩm quyền về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc xác nhận bằng văn bản cho nhà đầu tư.

…

7. Doanh nghiệp chế xuất khi được phép kinh doanh hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa tại Việt Nam phải mở sổ kế toán hạch toán riêng doanh thu, chi phí liên quan đến hoạt động mua bán hàng hóa tại Việt Nam và bố trí khu vực lưu giữ hàng hóa ngăn cách với khu vực lưu giữ hàng hóa phục vụ hoạt động sản xuất của doanh nghiệp chế xuất hoặc thành lập chi nhánh riêng nằm ngoài doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất để thực hiện hoạt động này.”

Tại Mẫu II.3 - Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ban hành kèm theo Thông tư số 16/2015/TT-BKHĐT ngày 18/11/2015 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư quy định biểu mẫu thực hiện thủ tục đầu tư và báo cáo hoạt động đầu tư tại Việt Nam quy định:

“Điều 1: Nội dung dự án đầu tư

1. Tên dự án đầu tư: ……………………

2. Mục tiêu dự án: ……………………….

………………………………….(tên tổ chức kinh tế) được áp dụng quy định doanh nghiệp chế xuất (chỉ ghi nội dung này nếu tổ chức kinh tế có đề nghị và đáp ứng điều kiện đối với doanh nghiệp chế xuất theo quy định của pháp luật)”

Quy định về thuế GTGT:

Căn cứ quy định tại Điều 4 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12:

Kính gửi: Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam

Tổng cục Thuế nhận được Công văn số 7390/VPCP-ĐMDN ngày 19/8/2019 của Văn phòng Chính phủ đề nghị Bộ Tài chính trả lời kiến nghị của Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam (địa chỉ: số 05, đường số 2, KCN VSIP Nghệ An, xã Hưng Tây, huyện Hưng Nguyên, tỉnh Nghệ An) về việc giải đáp hồ sơ kê khai thuế GTGT. Về việc này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Nội dung kiến nghị của Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam gửi kèm theo Công văn số 7390/VPCP-ĐMDN nêu trên:

Công ty đang tồn tại song song 2 giấy chứng nhận đăng ký đầu tư (IRC) như sau:

(1) Mã số dự án 5411634387 điều chỉnh lần 1 ngày 11/12/2017: Dự án Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam, nhà đầu tư là Công ty cổ phần Biomass Fuel (công ty mẹ), thực hiện quyền xuất nhập khẩu tại Tây Hồ, Hà Nội.

(2) Mã số dự án 4360474694 điều chỉnh lần 3 ngày 27/3/2019: Dự án đầu tư Nhà máy sản xuất viên nén sinh khối tại Nghệ An, nhà đầu tư là Công ty TNHH Biomass Việt Nam. Đây là dự án doanh nghiệp chế xuất, thực hiện tại trụ sở chính của Công ty.

Như vậy, hiện tại Công ty có trụ sở chính và một dự án doanh nghiệp chế xuất tại Nghệ An. Ngoài ra, Công ty có thêm dự án khác tỉnh tại Hà Nội (dự án tại Hà Nội không thành lập chi nhánh). Hiện tại Công ty đang kê khai thuế GTGT như sau:

- Chi phí liên quan đến hoạt động tại Hà Nội, Công ty kê khai trên mẫu 01/GTGT;

- Những chi phí liên quan đến dự án tại Nghệ An, Công ty kê khai trên mẫu 02/GTGT dành cho dự án đầu tư.

Tuy nhiên, dự án tại Nghệ An là doanh nghiệp chế xuất nên không phát sinh thuế GTGT, nên tờ khai mẫu 02/GTGT vẫn đang để số thuế trống.

Ngày 16/5/2019 Công ty có làm công văn gửi Cục Thuế tỉnh Nghệ An và nhận được câu trả lời như sau: “Căn cứ các quy định trên, trường hợp Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam là doanh nghiệp kê khai theo phương pháp khấu trừ, thực hiện dự án đầu tư “Nhà máy sản xuất viên nén sinh khối Biomass Fuel Việt Nam” theo Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư do Ban quản lý Khu kinh tế Đông Nam Nghệ An cấp thay đổi lần thứ 3, ngày 27/3/2019, tại trụ sở chính là Khu công nghiệp VSIP Nghệ An thì Công ty thực hiện kê khai các chi phí liên quan đến dự án vào tờ khai mẫu 02/GTGT, kê khai các chi phí của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, không liên quan đến dự án đầu tư vào tờ khai mẫu 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 156/2013/TT-BTC nêu trên.”

Tuy nhiên, Công ty thấy câu trả lời trên chưa được thỏa đáng nên rất mong được Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể hơn:

(1) Cục Thuế tỉnh Nghệ An đang hướng doanh nghiệp kê khai theo mẫu 02/GTGT cho dự án chế xuất tại Nghệ An → Công ty không hoàn thuế và cũng không phát sinh thuế GTGT đầu vào tại sao phải khai theo mẫu 02/GTGT? Việc Cục Thuế tỉnh Nghệ An hướng dẫn phải nộp mẫu 02/GTGT cho dự án đầu tư chế xuất có đúng không?

(2) Đối với chi phí phát sinh cho dự án ngoài Hà Nội, ví dụ khi mua hàng hóa về để bán, chi phí thuê văn phòng thì thuế GTGT liên quan Công ty sẽ nộp tờ khai 01/GTGT cho Cục Thuế TP Hà Nội hay Cục Thuế tỉnh Nghệ An? Thực tế tại Hà Nội chỉ tồn tại dự án đầu tư chứ không thành lập chi nhánh.

2. Nội dung trả lời:

Quy định đối với doanh nghiệp chế xuất:

Căn cứ quy định tại Khoản 1 Điều 30 Nghị định số 82/2018/NĐ-CP ngày 22/5/2018 của Chính phủ quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất:

"Điều 30. Quy định riêng áp dụng đối với khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất

1. Khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất được áp dụng quy định đối với khu vực hải quan riêng, khu phi thuế quan trừ các quy định riêng áp dụng đối với khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu. Doanh nghiệp chế xuất được quy định trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc trong văn bản của cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền trong trường hợp không phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Cơ quan đăng ký đầu tư có trách nhiệm lấy ý kiến cơ quan hải quan có thẩm quyền về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan trước khi cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc xác nhận bằng văn bản cho nhà đầu tư.

…

7. Doanh nghiệp chế xuất khi được phép kinh doanh hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa tại Việt Nam phải mở sổ kế toán hạch toán riêng doanh thu, chi phí liên quan đến hoạt động mua bán hàng hóa tại Việt Nam và bố trí khu vực lưu giữ hàng hóa ngăn cách với khu vực lưu giữ hàng hóa phục vụ hoạt động sản xuất của doanh nghiệp chế xuất hoặc thành lập chi nhánh riêng nằm ngoài doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất để thực hiện hoạt động này.”

Tại Mẫu II.3 - Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư ban hành kèm theo Thông tư số 16/2015/TT-BKHĐT ngày 18/11/2015 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư quy định biểu mẫu thực hiện thủ tục đầu tư và báo cáo hoạt động đầu tư tại Việt Nam quy định:

“Điều 1: Nội dung dự án đầu tư

1. Tên dự án đầu tư: ……………………

2. Mục tiêu dự án: ……………………….

………………………………….(tên tổ chức kinh tế) được áp dụng quy định doanh nghiệp chế xuất (chỉ ghi nội dung này nếu tổ chức kinh tế có đề nghị và đáp ứng điều kiện đối với doanh nghiệp chế xuất theo quy định của pháp luật)”

Quy định về thuế GTGT:

Căn cứ quy định tại Điều 4 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12:

“Điều 4. Người nộp thuế

Người nộp thuế giá trị gia tăng là tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng (sau đây gọi là cơ sở kinh doanh) và tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng hóa chịu thuế giá trị gia tăng (sau đây gọi là người nhập khẩu).”

Căn cứ quy định tại Điều 5 Luật thuế GTGT số 13/2008/QH12 về đối tượng không chịu thuế GTGT:

Điều 5. Đối tượng không chịu thuế

20. Hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài; hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau.

Tại Khoản 20 Điều 4 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 18/12/2013 của Bộ Tài chính quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT:

“20. Hàng hóa chuyển khẩu, quá cảnh qua lãnh thổ Việt Nam; hàng tạm nhập khẩu, tái xuất khẩu; hàng tạm xuất khẩu, tái nhập khẩu; nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu theo hợp đồng sản xuất, gia công xuất khẩu ký kết với bên nước ngoài.

Hàng hóa, dịch vụ được mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau.

Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại - công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập và được hưởng các ưu đãi về thuế như khu phi thuế quan theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ. Quan hệ mua bán trao đổi hàng hóa giữa các khu này với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu.

Hồ sơ, thủ tục để xác định và xử lý không thu thuế GTGT trong các trường hợp này thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.”

Tại Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính) quy định về khai thuế GTGT:

“Điều 11. Khai thuế giá trị gia tăng

1. Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế

a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp;

b) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khai thuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị trực thuộc...

c) Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế.

….

3. Khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ

….

c) Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.”

Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam là người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án tại Hà Nội và dự án đầu tư nhà máy sản xuất tại tỉnh Nghệ An thì:

- Đối với dự án Nhà máy sản xuất viên nén sinh khối Biomass Fuel Việt Nam tại Nghệ An:

+ Trường hợp Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam được áp dụng quy định doanh nghiệp chế xuất theo quy định của pháp luật thi Công ty không phải kê khai thuế GTGT của dự án.

+ Trường hợp Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam không được áp dụng quy định doanh nghiệp chế xuất thì Công ty lập hồ sơ khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư tại Nghệ An.

- Đối với hoạt động của dự án tại Hà Nội:

Trường hợp Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam được áp dụng quy định doanh nghiệp chế xuất theo quy định của pháp luật có dự án kinh doanh tại Hà Nội để thực hiện hoạt động mua bán hàng hóa và các hoạt động liên quan trực tiếp đến mua bán hàng hóa tại Việt Nam (quyền xuất khẩu, quyền nhập khẩu), nằm ngoài doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất thì phải thành lập chi nhánh riêng để thực hiện hoạt động này và kê khai, nộp thuế GTGT với cơ quan Thuế quản lý chi nhánh theo quy định.

Đề nghị Công ty liên hệ với Cục Thuế tỉnh Nghệ An và Cục Thuế TP Hà Nội để được hướng dẫn thực hiện.

Tổng cục Thuế thông báo để Công ty TNHH Biomass Fuel Việt Nam được biết./.