Công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN

Công ty Tôi đang ở Đồng Xoài thông thường thi công các công trình xây dựng từ nguồn vốn NSNN trên địa bàn tỉnh khi thanh toan tiền với chủ đầu tư đều bị kho bạc trích lại 2% từ năm 2011 nhưng công ty đã thiếu sót không hạch toán phần tiền thuế GTGT đã được kho bạc trích lại 2%. Vậy công ty xin được hỏi nếu công ty hạch toán thiếu sót phần thuế trên thì theo quy định luật thuế công ty sẽ bị phạt theo thông tư và nghị định nào, số tiền phạt là bao nhiêu. Và số tiền thuế khi kho bạc trích lại 2% nếu công ty không phát sinh thuế GTGT phải nộp nên không cấn trừ trên số tiền thuế 2% đó thì công ty có được hoàn trả số tiền thuế mà kho bạc đã trích lại 2% đó không?