Công văn 87003/CT-TTHT năm 2020 về kê khai, nộp thuế đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh giữa bệnh viện và công ty do Cục Thuế thành phố Hà Nội ban hành

Kính gửi: Công ty TNHH Thiết bị và Dụng cụ Y khoa 3P
(Địa chỉ: Số 27 Trần Duy Hưng, phường Trung Hòa, quận Cầu Giấy, TP Hà Nội; MSH 0101660771)

Cục Thuế TP Hà Nội nhận được công văn số 1209/CV-2020 ghi ngày 12/09/2020 của Công ty TNHH Thiết bị và Dụng cụ Y khoa 3P vướng mắc về chính sách thuế, Cục Thuế TP Hà Nội có ý kiến như sau:

- Tại khoản 1 và khoản 5 Điều 11 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) quy định:

“Điều 11. Phương pháp tính thuế

1. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế nhân (x) với thuế suất;

…

5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:

a) Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%. Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật áp dụng mức thuế quy định tại Điểm c Khoản này;

b) Đối với kinh doanh hàng hóa là 1 %;

c) Đối với hoạt động khác là 2 %. ”

- Căn cứ Thông tư số 15/2007/TT-BYT ngày 12/12/2007 của Bộ Y tế hướng dẫn thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về việc sử dụng tài sản để liên doanh, liên kết hoặc góp vốn liên doanh để mua sắm trang thiết bị phục vụ hoạt động dịch vụ của các cơ sở y tế công lập.

+ Tại Khoản 2 Mục I quy định:

“2. Các hình thức sử dụng tài sản để liên doanh, liên kết hoặc góp vốn liên doanh giữa cơ sở y tế công lập và các tổ chức, cá nhân (sau đây gọi là đối tác) để mua sắm trang thiết bị phục vụ hoạt động dịch vụ thực hiện theo quy định của Thông tư này gồm:

a) Hình thức phía đối tác và cơ sở y tế sử dụng tài sản là trang thiết bị, nhà cửa, cơ sở hạ tầng để liên doanh, liên kết tổ chức các hoạt động dịch vụ, hạch toán riêng các chi phí và phân chia thu nhập theo tỷ lệ góp vốn, mức độ tham gia của các bên.

b) Hình thức cơ sở y tế công lập và phía đối tác liên doanh cùng góp vốn bằng tiền để mua sắm trang thiết bị phục vụ hoạt động dịch vụ.

c) Hình thức phía đối tác đầu tư lắp đặt trang thiết bị, cơ sở y tế công lập tổ chức hoạt động cung cấp dịch vụ, trả phía đối tác theo số lượng dịch vụ đã thực hiện (thuê thiết bị và trả chi phí thuê theo dịch vụ). ”

+ Tại Khoản 6 mục IV quy định:

“6. Cơ chế tài chính và phân chia thu nhập

a) Đối với hình thức quy định tại điểm a và điểm b mục 2 phần I của Thông tư này: Các đơn vị thỏa thuận với các bên đối tác để thống nhất đưa vào Đề án trên cơ sở đảm bảo các nguyên tắc sau:

- Căn cứ vào tỷ lệ góp vốn, tài sản, mức độ tham gia của các bên, đảm bảo thu hồi được các chi phí của các bên đã chi trong quá trình thực hiện hoạt động liên doanh liên kết

- Phần được hưởng của các đơn vị công lập phải được thảo luận rộng rãi, dân chủ, công khai trong đơn vị và có ý kiến thống nhất của tổ chức công đoàn. Hình thức phân chia: theo tỷ lệ tính trên doanh thu hoặc tính trên chênh lệch thu chi sau khi hoàn thành nghĩa vụ thuế với nhà nước;

- Phải dành một tỷ lệ nhất định để lập Quỹ dự phòng rủi ro cho một số trường hợp đặc biệt. Các bên tham gia phải thống nhất tỷ lệ, nguyên tắc sử dụng Quỹ này.

b) Đối với hình thức quy định tại điểm c mục 2 phân I của Thông tư này: Các đơn vị căn cứ vào giá của thiết bị, vào đặc tính kỹ thuật của thiết bị và quy định về khấu hao tài sản tại mục 6 phần II để tính toán số tiền thuê thiết bị phải trả theo từng dịch vụ và thực hiện chi trả theo Đề án và hợp đồng đã ký với bên đối tác.

c) Số tiền trích khấu hao của các hoạt động được sử dụng để chi trả cho các bên nhằm tái tạo tài sản sử dụng để liên doanh liên kết hoặc trả vốn góp cho các bên tham gia

- Căn cứ Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

+ Tại điểm n Khoản 3 Điều 5 hướng dẫn doanh thu để tính thu nhập chịu thuế trong một số trường hợp được xác định như sau:

“n) Đối với hoạt động kinh doanh dưới hình thức hợp đồng hợp tác kinh doanh:

- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ thì doanh thu tính thuế là doanh thu của từng bên được chia theo hợp đồng.

Kính gửi: Công ty TNHH Thiết bị và Dụng cụ Y khoa 3P
(Địa chỉ: Số 27 Trần Duy Hưng, phường Trung Hòa, quận Cầu Giấy, TP Hà Nội; MSH 0101660771)

Cục Thuế TP Hà Nội nhận được công văn số 1209/CV-2020 ghi ngày 12/09/2020 của Công ty TNHH Thiết bị và Dụng cụ Y khoa 3P vướng mắc về chính sách thuế, Cục Thuế TP Hà Nội có ý kiến như sau:

- Tại khoản 1 và khoản 5 Điều 11 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) quy định:

“Điều 11. Phương pháp tính thuế

1. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế nhân (x) với thuế suất;

…

5. Đơn vị sự nghiệp, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật Việt Nam có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp mà các đơn vị này hạch toán được doanh thu nhưng không xác định được chi phí, thu nhập của hoạt động kinh doanh thì kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp tính theo tỷ lệ % trên doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ, cụ thể như sau:

a) Đối với dịch vụ (bao gồm cả lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay): 5%. Riêng hoạt động giáo dục, y tế, biểu diễn nghệ thuật áp dụng mức thuế quy định tại Điểm c Khoản này;

b) Đối với kinh doanh hàng hóa là 1 %;

c) Đối với hoạt động khác là 2 %. ”

- Căn cứ Thông tư số 15/2007/TT-BYT ngày 12/12/2007 của Bộ Y tế hướng dẫn thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về việc sử dụng tài sản để liên doanh, liên kết hoặc góp vốn liên doanh để mua sắm trang thiết bị phục vụ hoạt động dịch vụ của các cơ sở y tế công lập.

+ Tại Khoản 2 Mục I quy định:

“2. Các hình thức sử dụng tài sản để liên doanh, liên kết hoặc góp vốn liên doanh giữa cơ sở y tế công lập và các tổ chức, cá nhân (sau đây gọi là đối tác) để mua sắm trang thiết bị phục vụ hoạt động dịch vụ thực hiện theo quy định của Thông tư này gồm:

a) Hình thức phía đối tác và cơ sở y tế sử dụng tài sản là trang thiết bị, nhà cửa, cơ sở hạ tầng để liên doanh, liên kết tổ chức các hoạt động dịch vụ, hạch toán riêng các chi phí và phân chia thu nhập theo tỷ lệ góp vốn, mức độ tham gia của các bên.

b) Hình thức cơ sở y tế công lập và phía đối tác liên doanh cùng góp vốn bằng tiền để mua sắm trang thiết bị phục vụ hoạt động dịch vụ.

c) Hình thức phía đối tác đầu tư lắp đặt trang thiết bị, cơ sở y tế công lập tổ chức hoạt động cung cấp dịch vụ, trả phía đối tác theo số lượng dịch vụ đã thực hiện (thuê thiết bị và trả chi phí thuê theo dịch vụ). ”

+ Tại Khoản 6 mục IV quy định:

“6. Cơ chế tài chính và phân chia thu nhập

a) Đối với hình thức quy định tại điểm a và điểm b mục 2 phần I của Thông tư này: Các đơn vị thỏa thuận với các bên đối tác để thống nhất đưa vào Đề án trên cơ sở đảm bảo các nguyên tắc sau:

- Căn cứ vào tỷ lệ góp vốn, tài sản, mức độ tham gia của các bên, đảm bảo thu hồi được các chi phí của các bên đã chi trong quá trình thực hiện hoạt động liên doanh liên kết

- Phần được hưởng của các đơn vị công lập phải được thảo luận rộng rãi, dân chủ, công khai trong đơn vị và có ý kiến thống nhất của tổ chức công đoàn. Hình thức phân chia: theo tỷ lệ tính trên doanh thu hoặc tính trên chênh lệch thu chi sau khi hoàn thành nghĩa vụ thuế với nhà nước;

- Phải dành một tỷ lệ nhất định để lập Quỹ dự phòng rủi ro cho một số trường hợp đặc biệt. Các bên tham gia phải thống nhất tỷ lệ, nguyên tắc sử dụng Quỹ này.

b) Đối với hình thức quy định tại điểm c mục 2 phân I của Thông tư này: Các đơn vị căn cứ vào giá của thiết bị, vào đặc tính kỹ thuật của thiết bị và quy định về khấu hao tài sản tại mục 6 phần II để tính toán số tiền thuê thiết bị phải trả theo từng dịch vụ và thực hiện chi trả theo Đề án và hợp đồng đã ký với bên đối tác.

c) Số tiền trích khấu hao của các hoạt động được sử dụng để chi trả cho các bên nhằm tái tạo tài sản sử dụng để liên doanh liên kết hoặc trả vốn góp cho các bên tham gia

- Căn cứ Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

+ Tại điểm n Khoản 3 Điều 5 hướng dẫn doanh thu để tính thu nhập chịu thuế trong một số trường hợp được xác định như sau:

“n) Đối với hoạt động kinh doanh dưới hình thức hợp đồng hợp tác kinh doanh:

- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ thì doanh thu tính thuế là doanh thu của từng bên được chia theo hợp đồng.

- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng sản phẩm thì doanh thu tính thuế là doanh thu của sản phẩm được chia cho từng bên theo hợp đồng.

- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng lợi nhuận trước thuế thu nhập doanh nghiệp thì doanh thu để xác định thu nhập trước thuế là số tiền bán hàng hóa, dịch vụ theo hợp đồng. Các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phải cử ra một bên làm đại diện có trách nhiệm xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu, chi phí, xác định lợi nhuận trước thuê thu nhập doanh nghiệp chia cho từng bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh Mỗi bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh tự thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp của mình theo quy định hiện hành.

- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng lợi nhuận sau thuế thu nhập doanh nghiệp thì doanh thu để xác định thu nhập chịu thuế là số tiền bán hàng hóa, dịch vụ theo hợp đồng. Các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phải cử ra một bên làm đại diện có trách nhiệm xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu, chi phí và kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp thay cho các bên còn lại tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh. ”

+ Tại khoản 6 Điều 8 hướng dẫn về thu nhập được miễn thuế:

“6. Thu nhập được chia từ hoạt động góp vốn, mua cổ phần, liên doanh, liên kết kinh tế với doanh nghiệp trong nước, sau khi bên nhận góp vốn, phát hành cổ phiếu, liên doanh, liên kết đã nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, kể cả trường hợp bên nhận góp vốn, phát hành cổ phiếu, bên liên doanh, liên kết được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. ”

- Căn cứ Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng.

+ Tại Điều 14 hướng dẫn nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT như sau:

“Điều 14. Nguyên tắc khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào

1. Thuế GTGT đâu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT được khấu trừ toàn bộ, kể cả thuế GTGT đầu vào không được bồi thường của hàng hóa chịu thuế GTGT bị tổn thất.

…

11. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho các hoạt động cung cấp hàng hóa, dịch vụ không kê khai, tính nộp thuế GTGT hướng dẫn tại Điều 5 Thông tư này (trừ khoản 2, khoản 3 Điều 5) được khấu trừ toàn bộ.

…”

- Căn cứ Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01/10/2014 của Chính phủ quy định về việc sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế.

+ Tại Điều 9 sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:

“Điều 9. Sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT- BTC như sau:

“3. Thuê GTGT đầu vào của tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả thuế GTGT đầu vào của hoạt động đi thuê những tài sản, máy móc, thiết bị này và thuế GTGT đầu vào khác liên quan đến tài sản, máy móc, thiết bị như bảo hành, sửa chữa trong các trường hợp sau đây không được khấu trừ mà tính vào nguyên giá của tài sản cố định hoặc chi phí được trừ theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành: Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài phục vụ quốc phòng, an ninh; tài sản cố định, máy móc, thiết bị của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp kinh doanh tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám, chữa bệnh, cơ sở đào tạo; tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn.

Tài sản cố định là ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống (trừ ô tô sử dụng vào kinh doanh vận chuyển hàng hoá, hành khách, kinh doanh du lịch, khách sạn; ô tô dùng để làm mẫu và lái thử cho kinh doanh ô tô) có trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng (giá chưa có thuế GTGT) thì số thuế GTGT đầu vào tương ứng với phần trị giá vượt trên 1,6 tỷ đồng không được khấu trừ”.

- Căn cứ Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng và quản lý thuế tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của các Nghị định về thuế và sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính về hóa đến bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.

+ Tại khoản 9 Điều 1 sửa đổi, bổ sung Điều 14 của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013.

“9. Sửa đổi, bổ sung Điều 14 như sau:

a) Sửa đổi khoản 2 Điều 14 như sau:

“2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được.

Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng/quý tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng/quý, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tỉnh phân bố số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng/quý.”

…”

+ Tại khoản 10 Điều 1 sửa đổi, bổ sung Điều 15 của Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 và Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014 của Bộ Tài chính) về điều kiện khấu trừ thuế GTGT.

Căn cứ các quy định trên, về việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào Công ty thực hiện theo nguyên tắc quy định tại Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 151/2014/TT-BTC ngày 10/10/2014, Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính).

Nội dung vướng mắc của Công ty về việc kê khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hợp đồng hợp tác kinh doanh giữa Công ty và bệnh viện, Tổng cục Thuế đã có công văn số 5207/TCT-CS ngày 19/12/2018, Cục Thuế TP Hà Nội đã có công văn số 409/CT-TTHT ngày 04/01/2019 hướng dẫn nội dung tương tự (công văn phô tô đính kèm), đề nghị Công ty căn cứ vào tình hình thực tế và nghiên cứu văn bản pháp luật về thuế để thực hiện đúng quy định.

Trong quá trình thực hiện chính sách thuế, trường hợp còn vướng mắc, đơn vị có thể tham khảo các văn bản hướng dẫn của Cục Thuế TP Hà Nội được đăng tải trên website http://hanoi.gdt.gov.vn hoặc liên hệ với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hỗ trợ giải quyết.

Cục Thuế TP Hà Nội thông báo Công ty TNHH Thiết bị và Dụng cụ Y khoa 3P được biết và thực hiện./.